ב"איליאדה" וב"אודיסיאה" מאת הומרוס, מסופר על גורגונה אחת בלבד, שראשה היה קבוע במרכז שריון החזה של זאוס, ראש האלים. אולם, הסיודוס מתאר שלוש גורגונות: סתינו ("האדירה"), אירייל ("הנודדת למרחוק") ומדוזה ("המלכה"), וקובע שהן הבנות של אל הים הקדמון פורקיס ושל אשתו קטו. אוריפידס, לעומתו, מתאר את הגורגונות כיציר כפיה של גאיה, אלת האדמה, שיצרה אותן כדי לסייע לבניה הטיטאנים, במלחמתם נגד האלים.
מבין שלוש הגורגונות, רק מדוזה היא בת תמותה, ואכן, בסופו של דבר היא נהרגה על-ידי הגיבור היווני פרסאוס, ואילו שתי אחיותיה הן בנות אלמוות. אייסכילוס מוסיף ומספר שלשלוש הגורגונות היו עין אחת בלבד ושן בודדת, שאותן הן נאלצו לחלוק.
הגורגונה מדוזה היא הגורגונה הידועה ביותר, ועליה נסבים רוב המיתוסים. ב"מטמורפוזות" מאת אובידיוס מסופר שרק למדוזה היה שיער עשוי מנחשים, וזאת בשל קללה שהטילה עליה אתנה, אלת החוכמה. המיתוס מספר שמדוזה הייתה אישה יפיפייה, בעלת תלתלי זהב, שפותתה על ידי פוסידון, אל הים, ותנתה אהבים עמו במקדשה של אתנה. אתנה, בזעמה על חילול מקדשה, הפכה את תלתליה הזהובים של מדוזה לנחשים, והעניקה לה מבט שמסוגל לאבן את היצורים החיים. בהמשך, אתנה התערבה שוב בגורלה של מדוזה, והעניקה ללוחם פרסאוס מגן, שהיה מלוטש כמו מראה, ובעזרתו פרסאוס היה יכול להתקרב אל המפלצת ללא פגע, כיוון שהוא הביט בהשתקפותה במראה ולא בדמותה האמיתית, ולקטול אותה עם המגל שקיבל מהרמס, שליח האלים. פרסאוס העניק את ראשה הכרות של מדוזה לאתנה, שהטביעה אותו על שריון חזה.
המיתוס היווני מספר שדם שנלקח מצדה הימני של גורגונה יכל להחזיר את המתים לחיים, ואילו דם שנלקח מצדה השמאלי היה רעל קטלני, שקטל חיים בהרף עין. אתנה העניקה בקבוקון של הנוזל המרפא לאסקלפיוס, אל הרפואה.